Secundario
El tratamiento secundario es un proceso donde tiene lugar la actuación de microorganismos (Entre las que se destacan las bacterias) estas son las encargadas de llevar a cabo la degradación de la materia orgánica biodegradable ya sea de forma coloidal o disuelta, también se encarga de la eliminación de elementos que contienen nitrógeno y fósforo.
En su gran mayoría la materia orgánica constituye la fuente de energía y carbono que necesitan estos organismos para su crecimiento, Ademas también se necesita la presencia de nutrientes y alimentos necesarios esenciales para el crecimiento; ademas en los sistemas aerobios se requiere de la presencia de oxigeno disuelto para el funcionamiento y crecimiento de los microorganismos.
Los procesos aerobios se basan en la eliminación de los contaminantes orgánicos por su transformación en biomasa bacteriana, CO2 y H2O.
Los procesos anaerobios transforman la sustancia orgánica en biomasa, una mezcla de metano y CO2.
Lecho Bacteriano
Los equipos de este proceso se llaman filtros biologicos o filtros precoladores.

Consiste en un tanque o cárcamo donde se hace pasar un flujo de agua, y esta entra en contacto con un material del tipo inerte. Este material inerte es una especie de soporte donde se adhieren los microorganismos, Suelen ser de lechos fijos de gran diametro, rellenos con rocas o piezas de plástico, cerámica con formas especiales diseñadas para desarrollar una mayor superficie de contacto con el agua a tratar.
Sobre esta superficie crece una película de bio-masa sobre la cual se dispersa el agua residual y que moja en su descenso a esta estructura. A su vez debe de quedar espacio suficiente para que ascienda aire de forma natural.
El crecimiento de la bio-masa provoca a su vez un desprendimiento de a superficie de la estructura y este desprendimiento es necesario para una separación posterior por cuando se sedimente.
Contactores Biológicos Rotativos
Los equipos de este proceso se llaman reactores de biodiscos o Biocilindros.

Los contactores Biológicos rotativos se basan en los procesos aerobios. Esto quiere decir que se requiere oxigeno, este debe de estar en un contacto intimo con la biomasa y el agua residual.
Consiste en una serie de placas o discos en un eje horizontal que gira lentamente dentro del tanque que contiene el agua residual con un 49% de la superficie de los discos sumergido. Sobre la superficie de los discos se fija la biomasa que se encuentra alternativamente en contacto con el agua residual y con el aire.
Los biocilindros son una variante aplicativa de los biodiscos. La principal diferencia es la sustitución de la forma. Estos estan formados por por una malla metálica cuyo interior se rellena de piezas de plástico que sirve de soporte a la biomasa. En estos sistemas se produce un exceso de biomasa que al final se desprende del contactor. Estos se mantiene en suspensión en el tanque gracias al movimiento del material soporte. Para regular la cantidad de microorganismos presentes en el sistema se dispone de un clarificador o decantador secundario, aquí se sedimenta la cantidad excesiva de biomasa.
Fangos Activos o Lodos Activados

Es un proceso Aerobio de biomasa suspendida, que se requiere de un contacto intimo entre el agua residual, la biomasa activa y el oxigeno. Consiste en poner en contacto intimo entre un medio aerobio, normalmente una balsa aireada o en un tanque de aireación, el agua residual con floculos biológicos previamente formados, en los que se absorbe la materia orgánica y donde es degradada por las bacterias presentes (aquí se mantiene la concentración de microorganismos aerobios presentes). Para acelerar los procesos naturales se suministra el oxigeno disuelto aumentando la capacidad de tratamiento ademas de tener una mayor calidad del efluente y menor cantidad de fangos.
Se clasifican en procesos de mezcla completa o de flujo pistón.
- La mezcla completa se caracteriza por la uniformidad de las características del licor del tanque de aireación.
- Los procesos de flujo pistón Mantienen un gradiente de concentración en función a la entrada del proceso. En este proceso no existe la mezcla.
El modelo de la mezcla completa puede adoptar las siguientes variantes:
Aireación Prolongada. Consiste en un tanque de aireación, con un sistema de inyección de aire mediante turbinas, aireadores sumergibles o difusores cerámicos. Estos mantienen la biomasa en suspensión e introducen el oxigeno necesario. Este proceso tienen baja carga másica y baja producción de fangos. Ademas se puede utilizar cuando se desea o pretende eliminar compuestos con nitrógeno simultáneamente con la materia orgánica.
Contacto-Estabilización. Este proceso se desarrolla en dos tanques. El primero se denomina de contacto en el que se mezclan el efluente con el fango recirculado, en este tanque existe aireación y un mezcla completa. Una vez lograda la mezcla, se produce la sedimentación al mismo tiempo que se hace una recirculación. En este tanque se produce la biomasa, se reenvía al tanque de recirculación iniciando una vez mas el proceso.